修訂后的《中華人民共和國公司法》和國務(wù)院批準(zhǔn)的《注冊資本登記制度改革方案》對公司設(shè)立、年檢等制度作出重大調(diào)整，將注冊資本實(shí)繳登記制改為認(rèn)繳登記制。實(shí)繳制度是舊公司法的規(guī)定，比如，要求有限責(zé)任公司在兩年內(nèi)繳足注冊資本。認(rèn)繳制度是指現(xiàn)在設(shè)立公司注冊資本以及繳足期限由股東自行約定，不再限定在兩年內(nèi)繳足。比如，注冊資本1億元，可以約定在20年內(nèi)繳足，如果在20年內(nèi)未繳足，要面臨注銷或減資。若未繳足且未注銷未減資的，需承擔(dān)法律責(zé)任。由于企業(yè)所得稅在法律規(guī)定上有很多地方與實(shí)收資本有關(guān)，這一制度的修改勢必對稅務(wù)機(jī)關(guān)企業(yè)所得稅的征管帶來一定的影響。

資本弱化情況存在稅收風(fēng)險(xiǎn)。《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》第四十六條規(guī)定：“企業(yè)從其關(guān)聯(lián)方接受的債權(quán)性投資與權(quán)益性投資的比例超過規(guī)定標(biāo)準(zhǔn)而發(fā)生的利息支出，不得在計(jì)算應(yīng)納稅所得額時(shí)扣除。”

《財(cái)政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)關(guān)聯(lián)方利息支出稅前扣除標(biāo)準(zhǔn)有關(guān)稅收政策問題的通知》（財(cái)稅〔2008〕121號(hào)）規(guī)定，為規(guī)范企業(yè)利息支出稅前扣除，加強(qiáng)企業(yè)所得稅管理，根據(jù)《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》第四十六條和《中華人民共和國企業(yè)所得稅法實(shí)施條例》第一百一十九條的規(guī)定，在計(jì)算應(yīng)納稅所得額時(shí)，企業(yè)實(shí)際支付給關(guān)聯(lián)方的利息支出，不超過規(guī)定比例和稅法及其實(shí)施條例有關(guān)規(guī)定計(jì)算的部分，準(zhǔn)予扣除，超過的部分不得在發(fā)生當(dāng)期和以后年度扣除。企業(yè)接受關(guān)聯(lián)方債權(quán)性投資與其權(quán)益性投資的比例，金融企業(yè)為5∶1；其他企業(yè)為2∶1。

目前，關(guān)聯(lián)方融資情況越來越多，企業(yè)權(quán)益性投資越小，債權(quán)性投資越大，允許稅前扣除的利息按比例計(jì)算后，企業(yè)按照發(fā)生額支出利息費(fèi)用，存在企業(yè)所得稅風(fēng)險(xiǎn)，也給稅務(wù)機(jī)關(guān)企業(yè)所得稅管理帶來了一定的難度。

注冊資金不到位影響稅額計(jì)算。根據(jù)《中華人民共和國企業(yè)所得稅法實(shí)施條例》以及《國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)投資者投資未到位而發(fā)生的利息支出企業(yè)所得稅前扣除問題的批復(fù)》（國稅函〔2009〕312號(hào)）的規(guī)定，凡企業(yè)投資者在規(guī)定期限內(nèi)未繳足其應(yīng)繳資本額的，該企業(yè)對外借款所發(fā)生的利息，相當(dāng)于投資者實(shí)繳資本額與在規(guī)定期限內(nèi)應(yīng)繳資本額的差額應(yīng)計(jì)付的利息，其不屬于企業(yè)合理的支出，應(yīng)由企業(yè)投資者負(fù)擔(dān)，不得在計(jì)算企業(yè)應(yīng)納稅所得額時(shí)扣除。

在注冊資本認(rèn)繳制度下，根據(jù)稅法規(guī)定，對企業(yè)來說，如果企業(yè)設(shè)立時(shí)認(rèn)繳的注冊資本過大，逾期未繳足資本金將面臨對應(yīng)數(shù)額借款利息無法扣除的稅務(wù)風(fēng)險(xiǎn)，形成永久性差異；對稅務(wù)機(jī)關(guān)而言，由于認(rèn)繳注冊資本轉(zhuǎn)化為實(shí)收資本比較繁瑣，設(shè)置風(fēng)險(xiǎn)指標(biāo)口徑比較困難，給企業(yè)所得稅的正確計(jì)算帶來一定的難度。