《企業所得稅法實施條例》規定，利息收入的納稅義務發生時間，是按合同約定的債務人應付利息的日期確認收入的實現。所以，稅務部門在實際應用中，只能按合同約定的應付利息的日期來計算應納稅所得額，從而導致在實際工作中，往往出現有稅不能收、望稅興嘆的尷尬局面。

　　一是按合同確定納稅義務發生時間別無選擇權。

《企業所得稅法》只對利息收入應作為繳納企業所得稅時的收入總額作了具體規定。而《企業所得稅法》并沒有對利息收入的納稅義務發生時間作出一個明確規定。因此，在確定利息收入的所得稅納稅義務發生時間時，不能應用《企業所得稅法》，只能按國務院制定的行政法規或財政部、國家稅務總局的規章、規范性文件去處理。根據《立法法》效力等級原則，國務院制定的行政法規，其效力高于財政部、國家稅務總局的規章、規范性文件。而《企業所得稅法實施條例》屬于行政法規。所以，按合同確定利息收入納稅義務發生時間，別無選擇權，即只能按《企業所得稅法實施條例》來處理。

　　根據法律、行政法規應用慣例，人們在引用法律、法規而找不到合適條文時，就會考慮到該部法律、行政法規的基本原則。也就是說，法律、法規沒有具體規定或規定的內容存在明顯瑕疵，應按基本原則來處理。但《企業所得稅法實施條例》第九條卻是這樣規定的：企業應納稅所得額的計算，以權責發生制為原則，屬于當期的收入和費用，不論款項是否收付，均作為當期的收入和費用；不屬于當期的收入和費用，即使款項已經在當期收付，也不作為當期的收入和費用。本條例和國務院財政、稅務主管部門另有規定的除外。因此，對于利息收入的納稅義務發生時間，是權責發生制的例外。在確認利息收入時，不能按權責發生制來處理，只能按合同約定，即收付實現制確認收入。

　　二是按合同確認收入與現行會計和稅法相沖突。

對于利息收入的確認，會計上遵循的是權責發生制原則。即屬于當期的收入，不論款項是否收到，均作為當期的收入。因此，稅法按合同確認利息收入與會計準則相沖突，從而造成會計和稅法核算口徑不一致。這樣，一方面加大了企業財務和稅務人員的工作量，另一方面容易造成稅款流失。

　　《企業所得稅法實施條例》第三十八條規定，企業在生產經營活動中發生的下列利息支出，準予扣除：非金融企業向金融企業借款的利息支出、金融企業的各項存款利息支出和同業拆借利息支出、企業經批準發行債券的利息支出；非金融企業向非金融企業借款的利息支出，不超過按照金融企業同期同類貸款利率計算的數額的部分。由此看來，稅法在規定利息支出時，并沒有局限于在實際支出時扣除。也就是說，稅法允許納稅人對按規定計提的利息可進行扣除。在關于利息扣除問題上，稅法和會計一致，遵循的都是權責發生制。這與《企業所得稅法實施條例》規定的利息收入的收付實現制不配比，從而造成收入與支出不能同步。

　　三是與國務院財政、稅務主管部門規定相矛盾。

        財政部、國家稅務總局《關于執行企業會計準則有關企業所得稅政策問題的通知》（財稅[2007]80號）中規定：企業對持有至到期投資、貸款等按照新會計準則規定采用實際利率法確認的利息收入，可計入當期應納稅所得額。對于采用實際利率法確認的與金融負債相關的利息費用，應按照現行稅收有關規定的條件，未超過同期銀行貸款利率的部分，可在計算當期應納稅所得額時扣除，超過的部分不得扣除。由此可見，關于利息收入納稅義務發生時間，財稅[2007]80號文件與《企業所得稅法實施條例》不一致。該規定強調的是，在確認利息收入時，可遵循權責發生制，這與《企業所得稅法實施條例》按合同約定相矛盾。

　　四是按合同確認收入與權益性投資分不清。

        債券性和權益性投資收益稅收政策不同。債券性投資，除國庫券利息以外，其他的債券性投資利息收入，應按規定繳納所得稅。但一般情況下，國內權益性投資股息、紅利屬于免稅收入。而企業對另一企業投資，有可能既有債券性投資，又有權益性投資。換句話說，投資企業和被投資企業是關聯關系，投資與被投資企業之間互利互惠，為了一個以盈利為目的的共同目標，這樣，投資企業和被投資企業，往往通過不符合常規約定的合同來掩蓋投資事實。作為投資企業來說，往往通過壓低利率少收取利息或不收取利息，而采取多分紅、高稅后收益的手段，盡量多享受國家減免稅優惠。而被投資企業往往多計提利息支出扣除，多發權益性投資收益。這樣，把債券性投資收益和權益性投資收益混在一起，容易發生人為調節利潤、逃避繳納所得稅等稅費的問題。