長期以來，我國企業所得稅為中央與地方財政分享的稅種，即共享稅。法人所得稅制帶來的突出問題在于：對于屬于中央與地方共享稅的企業所得稅，如果非法人的分支機構將全部稅款繳到總公司所在地入庫，將不可避免地區間的利益轉移，同時由于分支機構分享了地方提供的公共產品和公共服務，如果沒有稅收貢獻，制約了地方經濟建設及全國經濟均衡高效的運行。為妥善處理好地區間利益分配關系，《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》第一百二十五條做出相關規定：“企業匯總計算并繳納企業所得稅時，應當統一核算應納稅所得額，具體辦法由國務院財政、稅務主管部門另行制定。”隨后國務院批準出臺《跨省市總分機構企業所得稅分配及預算管理暫行辦法》（財預[2008]10號）文件，總局在此基礎上又制定了《跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理暫行辦法》（國稅發[2008]28號）文件，這兩個文件分別從財政預算及稅收征管的不同方面加以規定，旨在合理利用稅收手段妥善處理地區間利益分配關系，有效解決法人所得稅制度下稅源跨地區轉移的問題。隨后又出臺的一些配套政策，特別是《關于跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理若干問題的通知》（國稅函[2009]221號）文件，對具體的政策執行有非常強的指導作用。
跨地區匯總納稅“統一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫”的處理原則，由總機構負責進行企業所得稅的年度匯算清繳，統一計算企業的年度應納所得稅額，抵減總機構、分支機構當年已就地分期預繳的企業所得稅款后，多退少補稅款。
上述政策，在匯總納稅企業年度匯算清繳申報時與一般企業的區別主要體現在以下幾點：
一、匯總納稅企業納稅申報數據為法人企業核算的全部數據
企業下設分支機構會根據自身情況確定獨立核算還是由總機構統一核算即非獨立核算的方式。無論會計采用何種方式，總機構在申報企業所得稅時作為一個法人企業，預繳及匯算清繳的各項申報數據是法人企業整體核算的結果，各分支機構都不需要單獨核算利潤、計算應納稅所得額。
1、收入的確認
一般情況下，企業將所屬獨立核算的分支機構核算的收入匯總到總部統一申報；非獨立核算分支機構的收入確認與一般企業一樣不需要總機構單獨處理。因此匯總納稅企業應注意將總機構及各分支機構取得的各項收入一并計入應納稅所得額。
例1：A企業為2003年在北京成立的一家高新技術企業企業，并分別在2004-2006年下設三家獨立核算的分支機構：上海分公司-A1、深圳分公司-A2、西寧分公司-A3.2009年A企業總部銷售收入1500萬元、分支機構A1銷售收入450萬元、分支機構A2銷售收入360萬元、分支機構A3銷售收入130萬元，A企業2009年銷售收入2440萬元（1500+450+360+130）。如果A企業下設的三家分支機構A1、A2、A3不獨立核算，其銷售收入由總公司統一核算。
2、扣除項目的確認
匯總納稅企業稅前項目的處理原則與收入確認一致，各項稅前扣除數據不需要考慮各分支機構的情況由法人企業統一核算。如工資、職工福利費等三項經費、業務招待費、業務宣傳費、廣告費、利息支出等都是法人企業全部數據，稅前扣除的各項指標統一計算扣除，不對分支機構單獨計算稅前扣除限額。
例2：如果例1中A企業總部及三家分支機構2009年度發生的業務招待費、廣告費如表1所示
A企業2009年納稅申報時：一是發生業務招待費110萬元，稅前扣除限額由2440×5‰=12.2（萬元）與110×60%=66（萬元）比較后孰小的原則為12.2萬元，納稅調增額=110-12.5=97.5（萬元）；二是發生廣告費305萬元，稅前扣除限額為2440×15%=122（萬元），納稅調增額=305-122=183（萬元）。
上述申報體現了法人稅的實質，各分支機構不單獨計算應納稅所得額，各類涉稅事項由總機構統一計算。實踐中，新稅法執行后，稅務機關不需要再對符合28號文件規定條件的分支機構進行單獨的企業所得稅檢查。
二、匯總納稅企業總機構和分支機構處于不同稅率地區減免稅款的計算相對復雜
2008年1月1日法人稅制的實施，享受減免稅的主體為法人企業，不會對某一獨立核算的分支機構單獨減免稅。因此新稅法實施后，匯總納稅企業與一般企業享受減免稅的資格及審批方式一致，區別在于總機構對企業審批的各項減免適用于法人企業及所屬各分支機構，各分支機構不再單獨申請減免稅優惠。如果例1中A企業取得了高新技術企業證書，申請2009年度享受高新技術減免稅及技術開發費加計扣除的優惠政策，由總機構主管稅務機關依據稅法審批、備案后A企業總機構及3家分支機構2009年度納稅申報時一并享受，不需要其分支機構再向所在地單獨主管稅務機關單獨申請。
目前，匯總納稅企業總機構和分支機構處于不同稅率地區計算減免稅的政策規定出處是由于舊稅法的企業所得稅納稅主體為獨立核算的納稅人，獨立核算的分支機構如果符合條件可以按獨立納稅人享受減免稅優惠，導致總機構和分支機構稅率不一致。因此財政部、國家稅務總局《關于執行企業所得稅優惠政策若干問題的通知》財稅 [2009]69號文件明確：“企業在2007年3月16日之前設立的分支機構單獨依據原內、外資企業所得稅法的優惠規定已享受有關稅收優惠的，凡符合《國務院關于實施企業所得稅過渡優惠政策的通知》（國發[2007]39號）所列政策條件的，該分支機構可以單獨享受國發[2007]39號規定的企業所得稅過渡優惠政策。”《關于跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理若干問題的通知》國稅函[2009]221號文件進一步明確：“除《國務院關于實施企業所得稅過渡優惠政策的通知》（國發[2007]39號）、《財政部 國家稅務總局關于企業所得稅若干優惠政策的通知》（財稅[2008]1號）和《財政部 國家稅務總局關于貫徹落實國務院關于實施企業所得稅過渡優惠政策有關問題的通知》（財稅[2008]21號）有關規定外，跨地區經營匯總納稅企業不得按照上述總分支機構處于不同稅率地區的計算方法計算并繳納企業所得稅，應按照企業適用統一的稅率計算并繳納企業所得稅。”
（一）總、分支機構處于不同稅率地區如何計算減免稅的兩項具體政策：
1、《跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理暫行辦法》（國稅發[2008]28號）文件規定：“總機構和分支機構處于不同稅率地區的，先由總機構統一計算全部應納稅所得額，然后依照本辦法第十九條規定的比例和第二十三條規定的三因素及其權重，計算劃分不同稅率地區機構的應納稅所得額后，再分別按總機構和分支機構所在地的適用稅率計算應納稅額。”
2、《關于跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理若干問題的通知》（國稅函[2009]221號）文件進一步明確：“預繳時，總機構和分支機構處于不同稅率地區的，先由總機構統一計算全部應納稅所得額，然后按照國稅發[2008]28號文件第十九條規定的比例和第二十三條規定的三因素及其權重，計算劃分不同稅率地區機構的應納稅所得額，再分別按各自的適用稅率計算應納稅額后加總計算出企業的應納所得稅總額。再按照國稅發[2008]28號文件第十九條規定的比例和第二十三條規定的三因素及其權重，向總機構和分支機構分攤就地預繳的企業所得稅款。匯繳時，企業年度應納所得稅額應按上述方法并采用各分支機構匯算清繳所屬年度的三因素計算確定。”
（二）總、分支機構處于不同稅率地區的案例分析
匯總納稅企業總、分支機構處于不同稅率地區的匯算清繳申報需要分步計算減免稅額：
一是在總機構統一計算應納稅所得額的基礎上，按國稅發[2008]28號文件第十九條規定的比例和第二十三條規定的三因素及其權重計算劃分不同稅率地區分支機構的應納稅所得額；
二是再按各分支機構自身的稅率計算各自應納所得稅額；
三是將各分支機構應納所得稅額匯總后計算企業的減免稅額。
例3：如果例1中A企業2009年度應納稅所得額1000萬元，由于其沒有取得高新技術企業證書，所以沒有申請享受新稅法規定的高新技術企業減免稅優惠。2009年度該企業深圳分公司繼續享受新稅法公布前的過渡期優惠政策、西寧分公司繼續執行西部大開發的稅收優惠，因此2009年度納稅申報需要對其總、分支機構處于不同稅率地區的情況繼續納稅處理。
A企業2009年度各相關指標如表2所示：
2009年匯算清繳時，一是分步計算減免稅額：
1、計算不同稅率地區各分支機構的應納稅所得額
總機構應納稅所得額=1000×50%=500（萬元）
25%地區的應納稅所得額=1000×50%×（0.35×450/2440+0.35×30/155+0.3×800/3500）=100.4（萬元）
20%地區的應納稅所得額=1000×50%×（0.35×360/2440+0.35×20/155+0.3×500/3500）=69.85（萬元）
15%地區的應納稅所得額=1000×50%×（0.35×130/2440+0.35×5/155+0.3×200/3500）=23.5（萬元）
2、計算不同稅率地區各分支機構的應納所得稅額
25%地區的應納所得稅額=100.4×25%=25.1（萬元）
20%地區的應納所得稅額=69.85×20%=13.97（萬元）
15%地區的應納所得稅額=23.5×15%=3.525（萬元）
3、計算A企業2009年度減免稅額
A企業減免稅額=1000×25%-（1000×50%×25%+25.1+13.97+3.525）
=250-167.595=82.405（萬元）
二是A企業納稅申報表主表填報：
第25行“應納稅所得額”：1000萬元
第26行“稅率（25%）”：25%
第27行“應納所得稅額”：250萬元
第28行“減免所得稅額”：82.405萬元
第30行“應納稅額”：167.595萬元
第33行“實際應納所得稅額”：167.595萬元
（三）如何處理匯總納稅企業過渡期優惠政策與新稅法優惠政策同時存在的情況
《國務院關于實施企業所得稅過渡優惠政策的通知》（國發[2007]39號）文件規定：企業所得稅過渡優惠政策與新稅法及實施條例規定的優惠政策存在交叉的，由企業選擇最優惠的政策執行，不得疊加享受，且一經選擇，不得改變。《財政部 國家稅務總局關于執行企業所得稅優惠政策若干問題的通知》（財稅 [2009]69號）文件進一步明確：國發[2007]39號文件所稱不得疊加享受，且一經選擇，不得改變的稅收優惠情形，限于企業所得稅過渡優惠政策與企業所得稅法及其實施條例中規定的定期減免稅和減低稅率類的稅收優惠。
匯總納稅企業適用上述政策存在兩種情況：一是如果企業整體享受過渡期優惠政策，又同時可以享受新稅法規定的定期減免稅或減低稅率類的稅收優惠；二是由于分支機構享受過渡期優惠政策致使總、分支機構存在不同稅率，該企業又可以同時享受新稅法規定的定期減免稅或減低稅率類的稅收優惠。這兩種情況都需要納稅人進行選擇，或是適用過渡期優惠或是適用新稅法的優惠，二者不能同時享受。
以案例中的A企業為例，A企業已取得高新技術企業證書，可以享受15%的高新技術企業減免稅優惠；同時其深圳A2分公司繼續享受新稅法公布前的過渡期優惠政策、西寧A3分公司繼續執行西部大開發的稅收優惠，導致A企業的總、分支機構處于不同稅率地區。因此，A企業可以從下例方式種選擇一種享受稅收優惠政策：一是2009年度享受高新技術減免稅，總分機構統一適用15%的稅率；二是參考例3并依據總分支機構處于不同稅率地區的稅收政策，逐步計算出A企業的減免稅款。兩種方法不能同時采用。
三、匯總納稅企業納稅申報的其他重要事項處理
1、關于分支機構以前年度虧損的處理
《跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理暫行辦法》（國稅發[2008]28號）文件規定：“總機構和分支機構2007年及以前年度按獨立納稅人計繳所得稅尚未彌補完的虧損，允許在法定剩余年限內繼續彌補。”解決了原獨立核算分支機構的以前年度虧損額在新稅法下如何處理的問題，其實質是2008年1月1日后分支機構以前年度的虧損額由法人企業一并彌補。
由于《企業所得稅年度納稅申報表》（A類）中沒有單獨體現彌補分支機構以前年度虧損的行次，實際工作中，可以將其填列在附表四《彌補虧損明細表》第3列“合并分立企業轉入可彌補虧損額”中。
2、主表第34行“本年累計實際已預繳的所得稅額”存在的政策執行差異
匯總納稅政策規定：匯總納稅企業實現的預繳所得稅，由總、分機構按分配比例于預繳時分別入庫，其中50%在各分支機構間分攤預繳，50%由總機構預繳；總機構年終匯算清繳時統一計算、多退少補。與一般企業的納稅申報不同，匯總納稅企業填報的“本年累計實際已預繳的所得稅”應包括按匯總納稅政策在總機構入庫及向分支機構分配入庫的本年度全部預繳稅款。
執行中一些地區出于區域利益的平衡，分支機構未按總機構出具的分配表就地入庫所得稅，預繳稅款或多或少，致使“本年累計實際已預繳的所得稅”與實際不符，成為匯總納稅申報中較為突出的問題。
針對預繳稅款未按規定入庫的突出問題，國稅函[2009]221號文件明確：“對應執行國稅發[2008]28號文件規定而未執行或未正確執行上述文件規定的跨地區經營匯總納稅企業，在預繳企業所得稅時造成總機構與分支機構之間同時存在一方（或幾方）多預繳另一方（或幾方）少預繳稅款的，其總機構或分支機構就地預繳的企業所得稅低于按上述文件規定計算分配的數額的，應在隨后的預繳期間內，由總機構將按上述文件規定計算分配的稅款差額分配到總機構或分支機構補繳；其總機構或分支機構就地預繳的企業所得稅高于按上述文件規定計算分配的數額的，應在隨后的預繳期間內，由總機構將按上述文件規定計算分配的稅款差額從總機構或分支機構的預繳數中扣減。”從政策上要求：符合跨地區匯總納稅政策要求的分支機構，應按總機構分配表預繳稅款。對不符合政策在當地多繳或少繳的所得稅，應由分支機構主管稅務機關在以后的預繳申報中解決，不能在總機構年度納稅申報表中反映。
例4：如果例1中的A企業2009年度1-4季度累計申報預繳所得稅50萬元，其中3季度分配表中分配西寧A3分公司所得稅5萬元，A3分公司在當地實際繳納8萬元，比分配稅款多入庫3萬元，導致A企業2009年度全年實際繳納所得稅53萬元，比應預繳的50萬元多入庫3萬元。A企業2009年度納稅申報表主表第34行“本年累計實際已預繳的所得稅額”填報50萬元，多繳的3萬元應由西寧A3分公司在2010年度預繳申報中扣減。
3、分支機構損失由分支機構主管稅務機關審批
《跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理暫行辦法》（國稅發[2008]28號）文件規定：分支機構的各項財產損失，應由分支機構所在地主管稅務機關審核并出具證明后，再由總機構向所在地主管稅務機關申報扣除。
新稅法實施后，納稅人稅前扣除資產損失的政策依據主要是《財政部 國家稅務總局關于企業資產損失稅前扣除政策的通知》財稅[2009]57號及《企業資產損失稅前扣除管理辦法》國稅發[2009]88號兩個文件。稅務機關對稅前扣除資產損失的審理是目前所得稅管理中的重點及難點。實行法人稅制后，納稅人無論資產損失發生在總機構還是分支機構，都由總機構匯總后申報扣除。因此總機構年度納稅申報扣除的資產損失包括由各分支機構主管稅務機關在當地審批的資產損失，總機構稅務機關可以事后向分支機構稅務機關實地核查。
從征管現狀考慮，總、分支機構異地經營，總機構主管稅務機關異地審核分支機構發生的資產損失存在一定困難，由資產損失發生地的主管稅務機關審核更符合征管實際。當然，法人稅制帶來分支機構主管稅務機關管轄權減弱也是不爭的現實。因此，做好對匯總納稅企業資產損失審核及其他事項的管理，需要總、分支機構的主管稅務機關之間的密切協作和配合，進一步在征管實踐中完善對匯總納稅企業的所得稅管理。
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