一、關于高新技術企業選擇適用稅率的問題

　　文件明確了高新技術企業在任何情況下都不能按15%的稅率減半征收所得稅。

　　（一）被認定為高新技術企業的居民企業同時又符合所得稅其他優惠條件時適用稅率的選擇。這里包括兩種情況：

　　1．被認定為高新技術企業的居民企業，同時又處于國發[2007]39號文《關于實施企業所得稅過渡優惠政策的通知》規定的定期減免稅優惠過渡期。

　　國發[2007]39號文附表“實施企業所得稅過渡優惠政策表”列舉了高新技術企業可享受過渡優惠政策的三種情況：一是在國務院確定的國家高新技術產業開發區設立的被認定為高新技術企業的中外合資經營企業，經營期在10年以上的，經企業申請，當地稅務機關批準，從開始獲利年度起2年內免征企業所得稅；二是國家高新技術產業開發區內新創辦的高新技術企業經嚴格認定后，自獲利年度起2年內免征所得稅；三是設在北京市新技術產業開發試驗區的新技術企業自開辦之日起3年內免征所得稅。經北京市人民政府指定的部門批準，第4至第6年可按15%或10%的稅率，減半征收所得稅。

　　而根據新稅法及其實施條例的規定，對擁有核心自主知識產權，并同時符合規定條件的國家需要重點扶持的高新技術企業，減按15%稅率征收企業所得稅。

　　根據國發[2007]39號文，企業所得稅過渡優惠政策與新稅法及其實施條例規定的優惠政策存在交叉的，由企業選擇最優惠的政策執行，不得疊加享受，且一經選擇，不得改變。由于高新技術企業減按15%稅率征收所得稅屬于新稅法下的優惠政策，因此與國發[2007]39號文中的定期減免稅過渡期優惠政策不得疊加享受。基于此，國稅函[2010]157號文明確，居民企業被認定為高新技術企業，同時又處于國發[2007]39號文第一條第三款規定享受企業所得稅“兩免三減半”、“五免五減半”等定期減免稅優惠過渡期的，該居民企業的所得稅適用稅率可以選擇依照過渡期適用稅率并適用減半征稅至期滿，或者選擇適用高新技術企業的15%稅率，但不能享受15%稅率的減半征稅。

　　2．居民企業被認定為高新技術企業，同時又符合軟件生產企業和集成電路生產企業定期減半征收企業所得稅優惠條件。由于軟件生產企業和集成電路生產企業在新稅法實施前、后均享有所得稅減免政策，因此這里需要分別不同情況作具體分析：

　　（1）新稅法實施前設立并經認定的軟件生產企業和集成電路生產企業，根據財稅[2000]25號文《關于鼓勵軟件產業和集成電路產業發展有關稅收政策問題的通知》，可自開始獲利年度起享受所得稅“兩免三減半”優惠政策。財稅[2009]69號文又規定，2007年年底前設立的軟件生產企業和集成電路生產企業，經認定后可以按財稅[2008]1號文《關于企業所得稅若干優惠政策的通知》的規定享受所得稅定期減免稅優惠政策。2007年度或以前年度已獲利并開始享受定期減免稅優惠政策的，可自2008年度起繼續享受至期滿為止。也就是說，這類企業也可以享受所得稅過渡期優惠政策。如果這類企業在新稅法實施后又被認定為高新企業，則高新技術企業減按15%稅率征收所得稅的政策與定期減免稅的過渡期優惠政策同樣不得疊加享受。因此國稅函[2010]157號文明確，此類居民企業的所得稅適用稅率可以選擇適用高新技術企業的15%稅率，也可以選擇依照25%的法定稅率減半征稅，但不能享受15%稅率的減半征稅。

　　（2）新稅法實施后經認定的新辦軟件生產企業和集成電路生產企業，根據財稅[2008]1號文，自獲利年度起可享受所得稅“兩免三減半”的優惠政策。如果這類企業又被認定為高新技術企業，則兩種優惠都屬于新稅法實施后的政策，并不屬國發[2007]39號文和財稅[2009]69號文規定的不得疊加享受的優惠政策，那么這兩種優惠政策是否可以同時享受呢？根據國稅函[2010]157號文，這類企業也只能享受其中一項優惠政策，而不能享受15%稅率的減半征稅。

　　（二）高新技術企業減低稅率優惠的應用。國發[2006]6號文《國務院關于實施<國家中長期科學和技術發展規劃綱要（2006－2020年）>若干配套政策的通知》曾規定：國家高新技術產業開發區內新創辦的高新技術企業經嚴格認定后，自獲利年度起兩年內免征所得稅，兩年后減按15%的稅率征收企業所得稅。然而，后半部分“兩年后減按15%的稅率征收企業所得稅”并不在國發[2007]39號文附表第30項所列的過渡政策范圍內。究其原因，正如國稅函[2010]157號文所說，即高新技術企業減低稅率優惠屬于變更適用條件的延續政策，因此，凡居民企業經稅務機關核準2007年度及以前享受高新技術企業或新技術企業所得稅優惠，2008年及以后年度未被認定為高新技術企業的，自2008年起不得適用高新技術企業的15%稅率，也不適用國發[2007]39號規定的過渡稅率，而應自2008年度起適用25%的法定稅率。

　　這里應注意，國稅函[2009]203號文《關于實施高新技術企業所得稅優惠有關問題的通知》曾規定，原依法享受企業所得稅定期減免稅優惠尚未期滿同時符合規定條件的商新技術企業，根據相關規定，按照新標準取得認定機構頒發的高新技術企業資格證書之后，可以在2008年1月1日后享受對尚未到期的定期減免稅優惠執行到期滿的過渡政策，但根據國發[2007]39號文及國稅函[2010]157號文，高新技術企業可以執行至期滿的實際上只能是“定期免稅”政策，而不包括“定期減稅”政策。當然這里有個特特殊情況，即根據國發[2007]39號文附表第25項，設在北京市新技術產業開發試驗區的新技術企業，其定期減稅政策也可執行至到期為止，但減半期間無論適用何種稅率，根據國發[2007]39號文和財稅[2008]21號文《關于貫徹落實國務院關于實施企業所得稅過渡優惠政策有關問題的通知》，原享受的低稅率優惠在新稅法施行后5年內要逐步過渡到法定稅率，自2008年至2012年，各年只能分別按18%、20%、22%、24%、25%的稅率減半征稅。

　　通過以上分析，我們可以得出這樣的結論：高新技術企業，無論什么情況下都不可能按15%稅率減半征收所得稅。

　　二、居民企業從事稅法規定減征所得稅項目的所得確定

　　為鼓勵和扶持某些產業或地區的發展，新稅法明確納稅人從事有關項目所得可以免征、減征所得稅。根據實施條例第八十六條、第八十七條、第八十八條和第九十條，可減半征收所得稅的項目包括：居民企業從事花卉、茶以及其他飲料作物和香料作物的種植、海水和內陸養殖所得、居民企業一個納稅年度內取得符合條件的技術轉讓所得超過500萬元的部分。而對居民企業從事符合規定的國家重點扶持的公共基礎設施項目的投資經營的所得，從事符合條件的環境保護、節能節水項目的所得，均自項目取得第一筆生產經營收入所屬納稅年度起享受“三免三減半”優惠政策。對減半征收的企業所得稅，國稅函[2010]157號文明確，是指居民企業應就該部分所得單獨核算并依照25%的法定稅率減半繳納企業所得稅。

　　這里我們需注意：

　　1．居民企業從事稅法規定減征所得稅項目所得，只能按25%的法定稅率減半繳納企業所得稅。因此即使是小型微利企業，其從事減征項目的所得，要么按25%稅率減半繳納所得稅，要么放棄減半優惠而按其適用的20%稅率繳納所得稅，但不能按20%稅率減半繳納所得稅。

　　2．注意國稅函[2010]148號文《關于做好2009年度企業所得稅匯算清繳工作的通知》對減征、免征所得額項目的納稅申報要求，即企業取得的減征、免征所得額項目，不得彌補當期及以前年度應稅項目虧損；當期形成虧損的減征、免征所得額項目，也不得用當期和以后納稅年度應稅項目所得抵補。如某企業2009年度應稅項目虧損50萬元，減征項目所得50萬元，則年度匯算清繳時，減征項目所得50萬元不彌補應稅項目虧損，從而可充分享受稅收優惠政策；同時，如果應稅項目所得為50萬元，而減征項目虧損50萬元，則年度匯算清繳時的應納稅所得額應為50萬元，不能彌補減征項目的虧損。

　　三、關于居民企業總分機構的過渡期稅率執行問題

　　新稅法以是否具有法人資格作為企業所得稅納稅人的認定標準，而“兩稅”合一前，內資企業以是否獨立核算而非是否具有法人資格為納稅人認定標準；外資企業雖以法人作為納稅主體，但根據國稅發[1997]49號文《關于外商投資企業分支機構適用所得稅稅率問題的通知》，外資企業設在我國境內的從事產品生產、商品貿易、服務等業務的分支機構，其生產經營所得應適用該分支機構所在地同類業務企業適用的企業所得稅稅率，由其總機構匯總繳納所得稅。也就是說，“兩稅”合一前，不具備法人資格的內、外資企業分支機構，都可能單獨享受所得稅優惠政策。而根據財稅[2009]69號文，企業在2007年3月16日之前設立的分支機構單獨依據原內、外資企業所得稅法的優惠規定已享受有關稅收優惠的，凡符合國發[2007]39號文所列政策條件的，該分支機構可以單獨享受所得稅過渡優惠政策。

　　由于新稅法實行法人所得稅制，為理順分配方式，在總分機構所在地間合理分配稅收收入，國稅發[2008]28號文《跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理暫行辦法》明確了總分機構所得稅分配辦法，而對總分機構處于不同稅率地區的特殊情況，國稅發[2008]28號文和國稅函[2009]221號文《關于跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理若干問題的通知》也明確了處理措施，即先由總機構統一計算全部應納稅所得額，然后按照文件規定計算出的分攤比例計算劃分不同稅率地區機構的應納稅所得額，再分別按各自適用稅率計算應納稅額后加總計算出企業應納稅總額；對計算出的應納稅總額，再按照分攤比例計算向總機構和各分支機構就地預繳的所得稅款。

　　如某外資企業甲公司在A、B、C三個地區設立三個非法人分支機構，其中 A根據過渡期優惠政策按22%稅率征稅，甲公司和其他分公司均適用25%的稅率。2010年一季度，三個分支機構應納稅所得額分別為300萬元、200萬元和100萬元，則甲公司匯總應納稅所得600萬元。假設A、B、C三個分支機構根據國稅發[2008]28號文規定計算出的分攤比例分別為20%、30%、50%.根據國稅發[2OO8]28號文和國稅函[2009]221號文，首先計算總機構和各分支機構分攤的應納稅所得額：甲公司分攤50%即300萬元，另外300萬元由各分支機構分攤：A60萬元（300×20%），B90萬元（300×30%），C150萬元（300×50%），甲公司應納稅總額為60×22%＋（300＋90＋150）×25%＝148.2（萬元）；然后計算總公司和各分公司預繳所得稅：總公司預繳50%即74．1萬元，另外50%在各分公司分攤預繳：A14．82萬元（74．1×20%）， B22.23萬元（74．1×30%），C37．05萬元（74．1×50%）。

　　但根據國稅函[2010]157號文，居民企業經稅務機關核準2007年度以前依照國稅發[1997]49號文規定，其處于不同稅率地區的分支機構可以單獨享受所得稅減低稅率優惠的，仍可繼續單獨適用減低稅率優惠過渡政策；優惠過渡期結束后，再統一依照國稅發[2008]28號文的相關規定執行。根據該規定，甲公司匯總繳納的所得稅應為300×22%＋（200＋100）×250＝141（萬元），總機構分攤50%即70．5萬元，A就地預繳300×22%×50%＝33（萬元），B和c則應按國稅發[2008]28號文的規定計算確定分攤的預繳所得額，由于適用稅率相同，不需要再根據國稅函[2009]221號文進行二次分配，直接按分攤的預繳所得額和適用稅率計算預繳所得稅。可見，兩種辦法計算的甲公司應納稅總額及總機構和各分支機構預嫩的所得稅存在明顯差別。

　　這里要注意該政策必須符合以下兩個條件：1．該辦法的適用主體，只能是2007年度以前外資企業在我國境內設置的從事產品生產、商品貿易、服務等業務的分支機構；2．分支機構適用該辦法的稅收優惠，根據國稅函[2009]221號文，必須是國發[2007]39號文、財稅[2008]1號文和財稅[2008]21號文規定的優惠政策，否則，處于不同稅率地區的分支機構均應按照企業適用統一的稅率計算并繳納企業所得稅。