第二十三條  稅務機關分析評估被調查企業關聯交易時，應當在分析評估交易各方功能風險的基礎上，選擇功能相對簡單的一方作為被測試對象。
　　第二十四條  稅務機關在進行可比性分析時，優先使用公開信息，也可以使用非公開信息。
 　　第二十五條 稅務機關分析評估被調查企業關聯交易是否符合獨立交易原則時，可以根據實際情況選擇算術平均法、加權平均法或者四分位法等統計方法，逐年分別或者多年度平均計算可比企業利潤或者價格的平均值或者四分位區間。
 　　稅務機關應當按照可比利潤水平或者可比價格對被調查企業各年度關聯交易進行逐年測試調整。
 　　稅務機關采用四分位法分析評估企業利潤水平時，企業實際利潤水平低于可比企業利潤率區間中位值的，原則上應當按照不低于中位值進行調整。
　　第二十六條  稅務機關分析評估被調查企業為其關聯方提供的來料加工業務，在可比企業不是相同業務模式，且業務模式的差異會對利潤水平產生影響的情況下，應當對業務模式的差異進行調整，還原其不作價的來料和設備價值。企業提供真實完整的來料加工產品整體價值鏈相關資料，能夠反映各關聯方總體利潤水平的，稅務機關可以就被調查企業與可比企業因料件還原產生的資金占用差異進行可比性調整，利潤水平調整幅度超過10%的，應當重新選擇可比企業。
 　　除本條第一款外，對因營運資本占用不同產生的利潤差異不作調整。
　　第二十七條 稅務機關分析評估被調查企業關聯交易是否符合獨立交易原則時，選取的可比企業與被調查企業處于不同經濟環境的，應當分析成本節約、市場溢價等地域特殊因素，并選擇合理的轉讓定價方法確定地域特殊因素對利潤的貢獻。
 　　第二十八條  企業為境外關聯方從事來料加工或者進料加工等單一生產業務，或者從事分銷、合約研發業務，原則上應當保持合理的利潤水平。
 　　上述企業如出現虧損，無論是否達到《國家稅務總局關于完善關聯申報和同期資料管理有關事項的公告》（國家稅務總局公告2016年第42號）中的同期資料準備標準，均應當就虧損年度準備同期資料本地文檔。稅務機關應當重點審核上述企業的本地文檔，加強監控管理。
 　　上述企業承擔由于決策失誤、開工不足、產品滯銷、研發失敗等原因造成的應當由關聯方承擔的風險和損失的，稅務機關可以實施特別納稅調整。
 　　第二十九條  稅務機關對關聯交易進行調查分析時，應當確定企業所獲得的收益與其執行的功能或者承擔的風險是否匹配。
 　　企業與其關聯方之間隱匿關聯交易直接或者間接導致國家總體稅收收入減少的，稅務機關可以通過還原隱匿交易實施特別納稅調整。
 　　企業與其關聯方之間抵消關聯交易直接或者間接導致國家總體稅收收入減少的，稅務機關可以通過還原抵消交易實施特別納稅調整。
　　第三十條 判定企業及其關聯方對無形資產價值的貢獻程度及相應的收益分配時，應當全面分析企業所屬企業集團的全球營運流程，充分考慮各方在無形資產開發、價值提升、維護、保護、應用和推廣中的價值貢獻，無形資產價值的實現方式，無形資產與集團內其他業務的功能、風險和資產的相互作用。
 　　企業僅擁有無形資產所有權而未對無形資產價值做出貢獻的，不應當參與無形資產收益分配。無形資產形成和使用過程中，僅提供資金而未實際執行相關功能和承擔相應風險的，應當僅獲得合理的資金成本回報。
　　第三十一條 企業與其關聯方轉讓或者受讓無形資產使用權而收取或者支付的特許權使用費，應當根據下列情形適時調整，未適時調整的，稅務機關可以實施特別納稅調整：
 　　（一）無形資產價值發生根本性變化；
 　　（二）按照營業常規，非關聯方之間的可比交易應當存在特許權使用費調整機制；
 　　（三）無形資產使用過程中，企業及其關聯方執行的功能、承擔的風險或者使用的資產發生變化；
 　　（四）企業及其關聯方對無形資產進行后續開發、價值提升、維護、保護、應用和推廣做出貢獻而未得到合理補償。
 　　第三十二條  企業與其關聯方轉讓或者受讓無形資產使用權而收取或者支付的特許權使用費，應當與無形資產為企業或者其關聯方帶來的經濟利益相匹配。與經濟利益不匹配而減少企業或者其關聯方應納稅收入或者所得額的，稅務機關可以實施特別納稅調整。未帶來經濟利益，且不符合獨立交易原則的，稅務機關可以按照已稅前扣除的金額全額實施特別納稅調整。
 　　企業向僅擁有無形資產所有權而未對其價值創造做出貢獻的關聯方支付特許權使用費，不符合獨立交易原則的，稅務機關可以按照已稅前扣除的金額全額實施特別納稅調整。
　　第三十三條  企業以融資上市為主要目的在境外成立控股公司或者融資公司，僅因融資上市活動所產生的附帶利益向境外關聯方支付特許權使用費，不符合獨立交易原則的，稅務機關可以按照已稅前扣除的金額全額實施特別納稅調整。
　　第三十四條  企業與其關聯方發生勞務交易支付或者收取價款不符合獨立交易原則而減少企業或者其關聯方應納稅收入或者所得額的，稅務機關可以實施特別納稅調整。
 　　符合獨立交易原則的關聯勞務交易應當是受益性勞務交易，并且按照非關聯方在相同或者類似情形下的營業常規和公平成交價格進行定價。受益性勞務是指能夠為勞務接受方帶來直接或者間接經濟利益，且非關聯方在相同或者類似情形下，愿意購買或者愿意自行實施的勞務活動。
　　第三十五條  企業向其關聯方支付非受益性勞務的價款，稅務機關可以按照已稅前扣除的金額全額實施特別納稅調整。非受益性勞務主要包括以下情形：
 　　（一）勞務接受方從其關聯方接受的，已經購買或者自行實施的勞務活動；
 　　（二）勞務接受方從其關聯方接受的，為保障勞務接受方的直接或者間接投資方的投資利益而實施的控制、管理和監督等勞務活動。該勞務活動主要包括：
 　　1.董事會活動、股東會活動、監事會活動和發行股票等服務于股東的活動；
 　　2.與勞務接受方的直接或者間接投資方、集團總部和區域總部的經營報告或者財務報告編制及分析有關的活動；
 　　3.與勞務接受方的直接或者間接投資方、集團總部和區域總部的經營及資本運作有關的籌資活動；
 　　4.為集團決策、監管、控制、遵從需要所實施的財務、稅務、人事、法務等活動；
 　　5.其他類似情形。
 　　（三）勞務接受方從其關聯方接受的，并非針對其具體實施的，只是因附屬于企業集團而獲得額外收益的勞務活動。該勞務活動主要包括：
 　　1.為勞務接受方帶來資源整合效應和規模效應的法律形式改變、債務重組、股權收購、資產收購、合并、分立等集團重組活動；
 　　2.由于企業集團信用評級提高，為勞務接受方帶來融資成本下降等利益的相關活動；
 　　3.其他類似情形。
 　　（四）勞務接受方從其關聯方接受的，已經在其他關聯交易中給予補償的勞務活動。該勞務活動主要包括：
 　　1.從特許權使用費支付中給予補償的與專利權或者非專利技術相關的服務；
 　　2.從貸款利息支付中給予補償的與貸款相關的服務；
 　　3.其他類似情形。
 　　（五）與勞務接受方執行的功能和承擔的風險無關，或者不符合勞務接受方經營需要的關聯勞務活動；
 　　（六）其他不能為勞務接受方帶來直接或者間接經濟利益，或者非關聯方不愿意購買或者不愿意自行實施的關聯勞務活動。
　　第三十六條  企業接受或者提供的受益性勞務應當充分考慮勞務的具體內容和特性，勞務提供方的功能、風險、成本和費用，勞務接受方的受益情況、市場環境，交易雙方的財務狀況，以及可比交易的定價情況等因素，按照本辦法的有關規定選擇合理的轉讓定價方法，并遵循以下原則：
 　　（一）關聯勞務能夠分別按照各勞務接受方、勞務項目為核算單位歸集相關勞務成本費用的，應當以勞務接受方、勞務項目合理的成本費用為基礎，確定交易價格；
 　　（二）關聯勞務不能分別按照各勞務接受方、勞務項目為核算單位歸集相關勞務成本費用的，應當采用合理標準和比例向各勞務接受方分配，并以分配的成本費用為基礎，確定交易價格。分配標準應當根據勞務性質合理確定，可以根據實際情況采用營業收入、營運資產、人員數量、人員工資、設備使用量、數據流量、工作時間以及其他合理指標，分配結果應當與勞務接受方的受益程度相匹配。非受益性勞務的相關成本費用支出不得計入分配基數。
　　第三十七條  企業向未執行功能、承擔風險，無實質性經營活動的境外關聯方支付費用，不符合獨立交易原則的，稅務機關可以按照已稅前扣除的金額全額實施特別納稅調整。
 　　第三十八條  實際稅負相同的境內關聯方之間的交易，只要該交易沒有直接或者間接導致國家總體稅收收入的減少，原則上不作特別納稅調整。
 　　第三十九條  經調查，稅務機關未發現企業存在特別納稅調整問題的，應當作出特別納稅調查結論，并向企業送達《特別納稅調查結論通知書》。
　　第四十條  經調查，稅務機關發現企業存在特別納稅調整問題的，應當按照以下程序實施調整：
 　　（一）在測算、論證、可比性分析的基礎上，擬定特別納稅調查調整方案；
 　　（二）根據擬定調整方案與企業協商談判，雙方均應當指定主談人，調查人員應當做好《協商內容記錄》，并由雙方主談人簽字確認。企業拒簽的，稅務機關調查人員（兩名以上）應當注明。企業拒絕協商談判的，稅務機關向企業送達《特別納稅調查初步調整通知書》；
 　　（三）協商談判過程中，企業對擬定調整方案有異議的，應當在稅務機關規定的期限內進一步提供相關資料。稅務機關收到資料后，應當認真審議，并作出審議結論。根據審議結論，需要進行特別納稅調整的，稅務機關應當形成初步調整方案，向企業送達《特別納稅調查初步調整通知書》；
 　　（四）企業收到《特別納稅調查初步調整通知書》后有異議的，應當自收到通知書之日起7日內書面提出。稅務機關收到企業意見后，應當再次協商、審議。根據審議結論，需要進行特別納稅調整，并形成最終調整方案的，稅務機關應當向企業送達《特別納稅調查調整通知書》；
 　　（五）企業收到《特別納稅調查初步調整通知書》后，在規定期限內未提出異議的，或者提出異議后又拒絕協商的，或者雖提出異議但經稅務機關審議后不予采納的，稅務機關應當以初步調整方案作為最終調整方案，向企業送達《特別納稅調查調整通知書》。
　　第四十一條 企業收到《特別納稅調查調整通知書》后有異議的，可以在依照《特別納稅調查調整通知書》繳納或者解繳稅款、利息、滯納金或者提供相應的擔保后，依法申請行政復議。
 　　企業收到國家稅務局送達的《特別納稅調查調整通知書》后有異議的，向其上一級國家稅務局申請行政復議；企業收到地方稅務局送達的《特別納稅調查調整通知書》后有異議的，可以選擇向其上一級地方稅務局或者本級人民政府申請行政復議。
 　　對行政復議決定不服的，可以依法向人民法院提起行政訴訟。
　　第四十二條  稅務機關對企業實施特別納稅調整，涉及企業向境外關聯方支付利息、租金、特許權使用費的，除另有規定外，不調整已扣繳的稅款。
　　第四十三條 企業可以在《特別納稅調查調整通知書》送達前自行繳納稅款。企業自行繳納稅款的，應當填報《特別納稅調整自行繳納稅款表》。
　　第四十四條 稅務機關對企業實施特別納稅調整的，應當根據企業所得稅法及其實施條例的有關規定對2008年1月1日以后發生交易補征的企業所得稅按日加收利息。
 　　特別納稅調查調整補繳的稅款，應當按照應補繳稅款所屬年度的先后順序確定補繳稅款的所屬年度，以入庫日為截止日，分別計算應加收的利息額：
 　　（一）企業在《特別納稅調查調整通知書》送達前繳納或者送達后補繳稅款的，應當自稅款所屬納稅年度的次年6月1日起至繳納或者補繳稅款之日止計算加收利息。企業超過《特別納稅調查調整通知書》補繳稅款期限仍未繳納稅款的，應當自補繳稅款期限屆滿次日起按照稅收征管法及其實施細則的有關規定加收滯納金，在加收滯納金期間不再加收利息；
 　　（二）利息率按照稅款所屬納稅年度12月31日公布的與補稅期間同期的中國人民銀行人民幣貸款基準利率（以下簡稱基準利率）加5個百分點計算，并按照一年365天折算日利息率；
 　　（三）企業按照有關規定提供同期資料及有關資料的，或者按照有關規定不需要準備同期資料但根據稅務機關要求提供其他相關資料的，可以只按照基準利率加收利息。
 　　經稅務機關調查，企業實際關聯交易額達到準備同期資料標準，但未按照規定向稅務機關提供同期資料的，稅務機關補征稅款加收利息，適用本條第二款第二項規定。
 　　第四十五條  企業自行調整補稅且主動提供同期資料等有關資料，或者按照有關規定不需要準備同期資料但根據稅務機關要求提供其他相關資料的，其2008年1月1日以后發生交易的自行調整補稅按照基準利率加收利息。
 　　第四十六條 被調查企業在稅務機關實施特別納稅調查調整期間申請變更經營地址或者注銷稅務登記的，稅務機關在調查結案前原則上不予辦理稅務變更、注銷手續。
　　第四十七條 根據我國對外簽署的稅收協定的有關規定，國家稅務總局可以依據企業申請或者稅收協定締約對方稅務主管當局請求啟動相互協商程序，與稅收協定締約對方稅務主管當局開展協商談判,避免或者消除由特別納稅調整事項引起的國際重復征稅。
 　　相互協商內容包括:
　　（一）雙邊或者多邊預約定價安排的談簽；
 　　（二）稅收協定締約一方實施特別納稅調查調整引起另一方相應調整的協商談判。
　　第四十八條  企業申請啟動相互協商程序的，應當在稅收協定規定期限內，向國家稅務總局書面提交《啟動特別納稅調整相互協商程序申請表》和特別納稅調整事項的有關說明。企業當面報送上述資料的，以報送日期為申請日期；郵寄報送的，以國家稅務總局收到上述資料的日期為申請日期。
 　　國家稅務總局收到企業提交的上述資料后，認為符合稅收協定有關規定的，可以啟動相互協商程序；認為資料不全的，可以要求企業補充提供資料。
　　第四十九條  稅收協定締約對方稅務主管當局請求啟動相互協商程序的，國家稅務總局收到正式來函后，認為符合稅收協定有關規定的，可以啟動相互協商程序。
 　　國家稅務總局認為稅收協定締約對方稅務主管當局提供的資料不完整、事實不清晰的，可以要求對方補充提供資料，或者通過主管稅務機關要求涉及的境內企業協助核實。
　　第五十條  國家稅務總局決定啟動相互協商程序的，應當書面通知省稅務機關，并告知稅收協定締約對方稅務主管當局。負責特別納稅調整事項的主管稅務機關應當在收到書面通知后15個工作日內，向企業送達啟動相互協商程序的《稅務事項通知書》。
　　第五十一條  在相互協商過程中，稅務機關可以要求企業進一步補充提供資料，企業應當在規定的時限內提交。
　　第五十二條  有下列情形之一的，國家稅務總局可以拒絕企業申請或者稅收協定締約對方稅務主管當局啟動相互協商程序的請求：
 　　（一）企業或者其關聯方不屬于稅收協定任一締約方的稅收居民；
 　　（二）申請或者請求不屬于特別納稅調整事項；
 　　（三）申請或者請求明顯缺乏事實或者法律依據；
 　　（四）申請不符合稅收協定有關規定；
 　　（五）特別納稅調整案件尚未結案或者雖然已經結案但是企業尚未繳納應納稅款。
　　第五十三條  有下列情形之一的，國家稅務總局可以暫停相互協商程序：
 　　（一）企業申請暫停相互協商程序；
 　　（二）稅收協定締約對方稅務主管當局請求暫停相互協商程序；
 　　（三）申請必須以另一被調查企業的調查調整結果為依據，而另一被調查企業尚未結束調查調整程序；
 　　（四）其他導致相互協商程序暫停的情形。
　　第五十四條 有下列情形之一的，國家稅務總局可以終止相互協商程序：
 　　（一）企業或者其關聯方不提供與案件有關的必要資料，或者提供虛假、不完整資料，或者存在其他不配合的情形；
 　　（二）企業申請撤回或者終止相互協商程序；
 　　（三）稅收協定締約對方稅務主管當局撤回或者終止相互協商程序；
 　　（四）其他導致相互協商程序終止的情形。
　　第五十五條 國家稅務總局決定暫停或者終止相互協商程序的，應當書面通知省稅務機關。負責特別納稅調整事項的主管稅務機關應當在收到書面通知后15個工作日內，向企業送達暫停或者終止相互協商程序的《稅務事項通知書》。
 　　第五十六條  國家稅務總局與稅收協定締約對方稅務主管當局簽署相互協商協議后，應當書面通知省稅務機關，附送相互協商協議。負責特別納稅調整事項的主管稅務機關應當在收到書面通知后15個工作日內，向企業送達《稅務事項通知書》，附送相互協商協議。需要補（退）稅的，應當附送《特別納稅調整相互協商協議補（退）稅款通知書》或者《預約定價安排補（退）稅款通知書》，并監控執行補（退）稅款情況。
 　　應納稅收入或者所得額以外幣計算的，應當按照相互協商協議送達企業之日上月最后一日人民幣匯率中間價折合成人民幣，計算應補繳或者應退還的稅款。
 　　補繳稅款應當加收利息的，按照《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》第一百二十二條規定的人民幣貸款基準利率執行。
　　第五十七條 各級稅務機關應當對稅收協定締約對方稅務主管當局、企業或者其扣繳義務人、代理人等在相互協商中提供的有關資料保密。
　　第五十八條 企業或者其扣繳義務人、代理人等在相互協商中弄虛作假，或者有其他違法行為的，稅務機關應當按照稅收征管法及其實施細則的有關規定處理。
　　第五十九條 企業按照本辦法規定向國家稅務總局提起相互協商申請的，提交的資料應當同時采用中文和英文文本，企業向稅收協定締約雙方稅務主管當局提交資料內容應當保持一致。
　　第六十條  涉及稅收協定條款解釋或者執行的相互協商程序，按照《國家稅務總局關于發布〈稅收協定相互協商程序實施辦法〉的公告》（國家稅務總局公告2013年第56號）的有關規定執行。
　　第六十一條  本辦法施行前已受理但尚未達成一致的相互協商案件，適用本辦法的規定。
 　　第六十二條  本辦法自2017年5月1日起施行。《特別納稅調整實施辦法（試行）》（國稅發〔2009〕2號文件印發）第四章、第五章、第十一章和第十二章、《國家稅務總局關于加強轉讓定價跟蹤管理有關問題的通知》（國稅函〔2009〕188號）、《國家稅務總局關于強化跨境關聯交易監控和調查的通知》（國稅函〔2009〕363號）、《國家稅務總局關于特別納稅調整監控管理有關問題的公告》（國家稅務總局公告2014年第54號）、《國家稅務總局關于企業向境外關聯方支付費用有關企業所得稅問題的公告》（國家稅務總局公告2015年第16號）同時廢止。